Управління Гнатківським академічним ліцеєм здійснюється засновником - Томашпільською селищною радою та уповноваженим нею органом - відділом освіти, спорту, культури та туризму.
Безпосереднє керівництво школою здійснює директор ліцею
Постійно діючим колегіальним органом управління Гнатківського академічного ліцею є педагогічна рада.
Органом громадського самоврядування ліцею є загальні збори колективу.
Постійно діючі орган громадського самоврядування - батьківський комітет.